La historia comienza con una sustancia conocida en el juego como niebla negra. Esta niebla es conocida por consumir personas, pueblos y otros signos de civilización o vida, nada de lo que escapar desde adentro. En Lost Kingdoms, la niebla invade la tierra de Argwyll, hogar del personaje principal Katia, quien también es la princesa de este reino. La niebla ha estado aterrorizando a la tierra durante mucho tiempo, y el padre de Katia, el rey, finalmente se aventuró a salir para ayudar a tratar y lidiar con la sustancia mortal. Sin embargo, dado que su padre no había regresado en un tiempo, Katia pronto se va a buscarlo. Antes de irse, sin embargo, se le concede acceso a la piedra rúnica del castillo, un elemento clave en este juego. Con la piedra rúnica, Katia puede usar cartas mágicas especiales para luchar por ella contra los monstruos que han engendrado dentro de la niebla negra. Usando esta piedra rúnica, se le concede a Katia abandonar el castillo con la esperanza de salvar el reino, así como encontrar y posiblemente rescatar a su padre. Desafortunadamente para ella, más tarde descubre que los monstruos mataron a su padre. Más tarde, Katia encuentra un nuevo enemigo en la forma de otro poseedor de piedra rúnica, una niña llamada Helena con la que se encuentra repetidamente. Eventualmente, Katia pelea y mata a Helena, pero antes de morir, Helena le revela a Katia que estaba tratando de salvar su propia tierra de la neblina negra. Katia finalmente descubre que un hombre llamado Thalnos está detrás de la niebla negra, así como también la existencia de una entidad malévola conocida como el Dios de la Destrucción. Después de luchar y matar a Thalnos, resulta que él era solo un recipiente para el Dios de la Destrucción. Katia luego lucha y derrota al dios malvado como el jefe final del juego.