Naruto 3 (NTSC-J) - GC

El juego cubre los eventos del anime desde los exámenes de Chunin hasta el arco de la búsqueda de Tsunade. Esta entrega introduce la capacidad de cambiar de forma durante el combate y otorga a algunos personajes un segundo ataque especial. Además, el juego se suma al modo de equipo de Clash of Ninja 2, lo que otorga al jugador la capacidad de usar especiales de equipo. Si bien este juego se lanzó exclusivamente en Japón, luego se le dio un puerto mejorado con el nombre de Naruto: Clash of Ninja Revolution con menos personajes.