Hace dieciocho años, el planeta Nebula fue atacado por el Lone Star System, archienemigo de la Federación Interplanetaria. Su población diezmada, los pocos supervivientes juraron proteger su futuro con sus vidas. Ha llegado ese momento. Atracado en el portal espacial del planeta Nebula, se encuentra la fortaleza de armas de combate Plealos, nave nodriza de la flota del Sistema Solitario. Lo que no pueda tomar, lo destruirá. Ahora es tu oportunidad de usar tus sofisticadas habilidades de combate y salvar tu planeta. Eres Ryder Jupiter. Conocido como Ace to the Federation, tienes la venganza en tu mente. Y la única persona en la que confías en la batalla es la fiel Diana Rean, una camarada audaz y decidida. Lo que los une es el tirano Reficul, Emperador de Lone. Sus planes de dominar a Nebula solo pueden ser frustrados con el poder de Thunder Force II, que debe ser arrojado muy por debajo de la superficie del planeta a Plealos para la confrontación final. Aquí confiará en el Excelizer molecular, una explosión tan fuerte que no deja nada más que recuerdos. Adelante, valiente, y libera a toda la Federación de Reficul para siempre.