Regresa una vez más al mundo de Gamindustri, donde el Criminal del Mundo Libre, Arfoire, ha derrotado a las cuatro CPU de Gamindustri. Ahora depende de sus hermanas menores liberarlas del cautiverio. Nepgear, la candidata a CPU de Planeptune y hermana menor de Neptune, emprende su búsqueda con IF y Compa para recuperar la prosperidad de Gamindustri, ¡El sindicato del mal que Arfoire creó y liberó a su hermana! Durante sus viajes por el mundo, Nepgear se encontrará con nuevos y viejos amigos, conocerá a otros candidatos de la CPU y se ocupará de los monstruos que se interpongan en su camino en esta clásica historia de JRPG del bien contra el mal.