Mientras se divierten en Lost Vega, una estación de ocio del espacio profundo, los tres Battletoads (Zitz, Rash y Pimple) se distraen gratamente con un Thallian Thorax Dancer. Desafortunadamente, la bailarina pronto se revela como la malvada Reina Oscura. Los 'sapos luchan valientemente contra probabilidades abrumadoras, pero finalmente son vencidos. Rash y Pimple son hechos prisioneros, pero afortunadamente, Zitz llega al Toadster y devuelve el espacio al buitre y al mentor de Battletoads, el profesor T. Bird.
Entonces, Zitz, la Reina Oscura ha secuestrado a tus mejores amigos, ¿qué vas a hacer al respecto? Vas a ponerte realmente loco, eso es lo que - ¡entonces te pondrás PAR! Una vez que llegas a Armagedda, el planeta de la Reina Oscura, te queda un largo camino por recorrer: a cavernas, a través de pantanos e incluso a través del vientre de la temida Sierpe. ¡Y, en última instancia, tendrás que derrotar al terrible, imponente, el verdadero mutante Robo-Manus espantapájaros! ¿Tienes lo que se necesita para ser un auténtico Battletoad? Pronto veremos, de una forma u otra ...