WILD ARMS 5 sigue el viaje de un grupo de jóvenes viajeros mientras intentan descubrir los misterios de su tierra devastada y, sin saberlo, se involucran en una lucha que decidirá el destino del mundo entero. En un pequeño pueblo llamado Capo Bronco en las afueras de Filgaia, dos jóvenes, Dean Stark y Rebecca Streisand, son testigos de un evento increíble: el brazo gigante de un golem que cae del cielo agarrando a una chica llamada Avril. Este encuentro casual inspira a Dean y Rebecca a viajar con Avril a través de las tierras baldías de Filgaia con la esperanza de ayudarla a recuperar sus recuerdos perdidos y embarcarse en un viaje que finalmente decidirá el destino de toda la humanidad.