TMNT3 se centra más en el trabajo en equipo, el desarrollo de personajes y el control que cualquier otro juego de Turtles de consola hasta la fecha. Los jugadores pueden jugar como su tortuga favorita solos o con hasta tres amigos, ganando puntos de experiencia en el camino mientras atacan y golpean a Foot Ninjas y a los poderosos y conocidos jefes del universo TMNT. Estos puntos de experiencia permiten a los jugadores mejorar y evolucionar los rasgos y habilidades de sus tortugas para realizar ataques y movimientos más variados y poderosos. El Ninja Scroll System es otra característica nueva de TMMT3. Poder seleccionar qué pergaminos ninja usar permite a las tortugas usar varias habilidades especiales estratégicamente. El juego cooperativo se encuentra en el corazón de TMNT3 y los jugadores que se unen con amigos para la acción multijugador son recompensados con características exclusivas como el Ataque Cooperativo para un daño aún más impactante a los enemigos. El efecto de este ataque cambia según el número de jugadores que trabajan juntos (entre 2 y 4 jugadores). Para un control aún mayor, TMNT3 presenta un nuevo sistema de combate llamado sistema Target Attack que permite a los jugadores jugar de manera más instintiva y estratégica. Con el sistema Target Attack, los jugadores podrán bloquear enemigos específicos y bloquear, esquivar o contraatacar en consecuencia para un combate más suave y maniobrable. El modo historia se puede jugar con 1-4 jugadores. Incluso cuando tienes menos de 4 jugadores para jugar, las otras Tortugas estarán a tu lado, controladas a través de la IA.