Después de haber vendido más de un millón de copias en Europa con la primera entrega, el segundo título de Pokémon Mundo Misterioso es lo que los fans estaban esperando. Adéntrate de nuevo en un mundo poblado por Pokémon y responde a un Test de Personalidad para determinar qué tipo de Pokémon eres. ¿Te convertirás en tu Pokémon favorito, de entre los 16 posibles, incluidos los de Pokémon Diamante y Pokémon Perla? También tendrás que elegir a un Pokémon para que te acompañe en la emocionante aventura que te espera. Y con este leal amigo en un mundo extraño, te embarcarás en un viaje épico a través de mazmorras sin fin generadas aleatoriamente, descubriendo misterio tras misterio hasta averiguar por qué te has convertido en un Pokémon.
Pero no solo las mazmorras son impredecibles, pronto descubrirás que los tesoros que se ocultan en lo más profundo y tenebroso de las mazmorras no son los únicos misterios de este mundo. A medida que busques Pokémon en las mazmorras y luches contra ellos, averiguarás que un Pokémon ha viajado al pasado para robar los preciosos Engranajes del Tiempo, ocultos en los confines de este mundo. De ti depende formar un Equipo explorador tan valiente como para enfrentarse a este enemigo, y evitar que el tiempo se detenga y el mundo quede sumido en las tinieblas.
Cuando ya estés acostumbrado a tu nueva forma de Pokémon, tu compañero te pedirá que te unas al Pokégremio de Exploradores y formes un Equipo explorador. Una vez formado, se te atribuirán encargos sencillos que poco a poco se transformarán en aventuras a lo grande, de búsqueda de objetos y captura de forajidos. En el Pokégremio te encontrarás a un montón de Pokémon que están siempre listos para ayudarte en tu aventura.
Ponte a la cabeza de tu equipo para entrar en las mazmorras, recoger objetos y desafiar a los Pokémon que se interpongan en tu camino. A medida que avance el juego, podrás invitar a los Pokémon que venzas a que se unan a tu equipo. Y otra opción muy útil es la de enviar un mensaje de SOS a un amigo por la Conexión Wi-Fi de Nintendo en caso de que pierdas una batalla en una de las mazmorras.
Con la opción Rescate de amigos, los jugadores que pierdan una batalla en una mazmorra pueden enviar un mensaje de SOS a sus amigos o a otros Equipos exploradores para que entren en la mazmorra e intenten rescatarlos. Si el rescate tiene éxito, el Equipo explorador vencido no perderá dinero ni objetos, y podrá continuar la exploración desde el punto donde fue derrotado. Y además de enviar peticiones de Rescate de amigos, también puedes usar Cartas secretas para compartir misiones y ver peticiones de consejo de otros jugadores. Y con la opción Intercambiar objetos, también puedes cambiar lo que quieras, o incluso cambiar miembros de tu equipo en Intercambiar equipos.