Ubicado entre una variedad de coloridos fondos 2D, Patapon se desarrolla a través de más de 30 misiones con más de 20 entornos diferentes, donde los jugadores tienen la tarea de equipar al ejército de Patapon, recolectar recursos y usar la estrategia para convertir a la tribu en una fuerza de combate devastadora. Incorporando varios toques de tambor sincronizados con botones en tiempo real para controlar a los Patapons, los jugadores atravesarán estratégicamente cada entorno, luchando contra enemigos en cada paso del camino. El juego presenta una variedad de tipos de guerreros como arqueros, infantería, caballería y más que los jugadores pueden desbloquear, junto con una amplia selección de más de 100 mejoras de armas y escudos, lo que permite a los jugadores personalizar sus fuerzas a lo largo de la divertida aventura.