Es el año 2161 d.C., diez años después de que la inteligencia artificial conocida como Guardian se volviera deshonesta y su posterior destrucción a manos de Cenes Crawford, el piloto de los eventos de Thunder Force V.A medida que la Tierra vuelve a entrar en una era de prosperidad después de la guerra anterior. con la IA, una fuerza extraterrestre conocida solo como "Orn Faust" parece iniciar una invasión del planeta. Desafortunadamente, la Flota Terrestre Unificada es impotente bajo el poder de las fuerzas alienígenas y está casi destruida. Mientras tanto, el gobierno de la Tierra Unificada recibe extrañas lecturas de su informe de análisis de la cámara subterránea en la isla Babel, donde una vez estuvo instalado Guardian. En el interior, la tecnología Vasteel restante que fue abandonada y sellada por el gobierno muestra una sincronización sorprendente con el enfoque de Orn Faust. A medida que los investigadores analizan la tecnología una vez prohibida que habían abandonado hace diez años, encuentran un mensaje alarmante incrustado dentro de los fragmentos. Se dice que Vasteel fue una vez Rynex, el arma definitiva creada por el poder extraterrestre llamado Galaxy Federation, utilizada para combatir al malvado Imperio Orn. El mensaje también contenía una advertencia de su inminente llegada y un llamado interestelar de ayuda contra las fuerzas de Orn, que están tratando de extender su influencia de muerte y destrucción a otras partes del universo. Además, las celdas de almacenamiento dentro del material Vasteel contienen cuatro coordenadas espaciales que conducen al mundo natal de la Federación de Galaxias. Sin otra opción, los científicos recrean la tecnología Vasteel en el caza estelar experimental conocido como Phoenix, la última esperanza para la raza humana contra Orn Faust.