Conflict: Denied Ops está ambientado en el delicado panorama político actual, y sus protagonistas son dos agentes encubiertos, expertos en armas y tácticas militares. El juego te permite ir alternando continuamente el control de los dos personajes para, en cualquier momento, ponerte a cubierto, explorar las rutas a través de los niveles, crear distracciones o identificar al enemigo bajo el fuego cruzado. Gracias a la "Tecnología Puncture" de Pivotal, el juego presenta entornos completamente destruibles, permitiendo al jugador disparar contra los muros para abrir boquetes desde donde apuntar a cubierto, o bien dinamitarlos para coger al enemigo por sorpresa. El juego transcurre en zonas políticamente susceptibles de América del Sur, África y Rusia. El intuitivo sistema de órdenes de Conflict: Denied Ops incita al jugador a centrarse en la acción al 100%, sin darle un momento de respiro y con multitud de escenas explosivas al más puro estilo hollywoodiense.