La historia se desarrolla en Sol Cluster, un reino gobernado por una organización llamada Clustania cuyo objetivo es esclavizar a los humanos y dominar el mundo. Sin embargo, habrá dos Reyvateils (humanoides) que serán clave en esta historia; intentarán evitarlo, conocerán a Aoto y lucharán contra la injusticia.
Batallas de acción
A diferencia de los anteriores Ar Tonelico, este capítulo incorpora un sistema de combate basado en la acción. Correrás y atacarás como si estuvieses en un juego de lucha o de acción.
Magia de canciones
Durante los combates podrás usar la magia de las canciones pulsando los botones indicados al ritmo de la música. Cuanto mejor sigas el ritmo, más poderosa será tu magia.
-Cosmoshphere
Ar Tonelico cuenta con un sistema revolucionario que combina el desarrollo de personajes con el aprendizaje de habilidades. Adéntrate en el mundo subconsciente de las Reyvateil para conocer mejor a los demás miembros de tu grupo a la par que aprendes nuevos conjuros.
Múltiples caminos
Según en cómo sea tu progresión durante el juego, el resultado final será distinto. Hay más de dos horas de finales, lo cual favorece sobremanera a la rejugabilidad.