El protagonista del nuevo Prince of Persia no tiene nada que ver con el héroe de las Arenas del Tiempo, de hecho ni tan siquiera es príncipe al inicio de la aventura. Seremos un vulgar aventurero, con mucho de listo y algo de canalla que, involuntariamente, se verá envuelto en una fenomenal aventura que en muchas ocasiones parecerá superarle.
Prince of Persia abre un nuevo capítulo en el universo de Prince of Persia además de introducir un estilo fresco y renovado en las ilustraciones, un evolucionado sistema de combate, un escenario de mundo abierto y una dinámica inteligencia artificial que se nota principalmente en la fuerza y poder que el Príncipe adquiere cuando se alía con Elika.
Ambientado en tierras arraigadas en la antigua mitología Persa, el Príncipe se encuentra en el centro de una épica batalla entre las fuerzas de la Luz y las de la Oscuridad: El Dios de la Luz, Ormazd contra su hermano Ahriman, el destructivo Dios de la Oscuridad. El Príncipe llega justo a tiempo para ser testigo de la destrucción del Árbol de la Vida un acto que amenaza con sumergir todo el Mundo en la eterna oscuridad. Será el Príncipe junto con Elika, una compañera mortal, el que libere al mundo de esta Corrupción tan diabólica, manifestada en una sustancia negra que contamina el cielo y la tierra.
Afrontando el riesgo inminente, el Príncipe huye hacia un reino desierto que aparentemente ofrece asilo. Sin embargo, la Corrupción de la Oscuridad ya ha llegado y la tierra y el cielo están contaminados por esta sustancia negra, todo el reino está lleno de aventuras, retos e intriga. Mientras el Príncipe busca una forma de luchar contra la Corrupción que continúa extendiéndose, encuentra una criatura infectada muy particular que promete la salvación. Pero ¿es esta criatura una aliada verdadera o por el contrario es un enemigo? Puede que esta peligrosa alianza sea la única forma que tenga el Príncipe de hacer frente a las fuerzas de la Oscuridad y salvar al Reino Persa de la Corrupción de una vez por todas.