Hace 37000 años, un mortal secreto fue enterrado en una cueva de Texas. Ahora el secreto ha sido desvelado, y su descubrimiento puede significar el final de la humanidad. “La plaga para acabar con todas las plagas...” Cuando una bomba terrorista explota en un edificio federal en Dallas, Texas, los agentes del FBI Fox Mulder y Dana Scully se ven envueltos en una peligrosa conspiración. Con la ayuda de un paranoico (premiado en la academia- ganador Martin Landau), Mulder y Scully arriesgan sus carreras y sus vidas en la búsqueda de un virus mortal que puede ser de origen extraterrestre y que podría destruir toda forma de vida en la tierra. Su persecución de la verdad les enfrenta al misterioso Sindicato, hombres poderosos a los que nada puede detener para mantener a salvo su secreto. La investigación lleva a los agentes desde una cueva en Texas a los despachos del FBI, y finalmente a unas instalaciones secretas en la Antártida donde se guarda el mayor secreto de todos.