La oscuridad crece en Gotham, llegan nuevos villanos más ambiciosos y perversos que nunca, mientras un conjunto de alianzas surge para luchar por el poder en la ciudad. Los detectives Jim Gordon y Harvey Bullock están al frente de la lucha contra el crimen en esta ciudad peligrosa y corrupta. Mientras lucha contra los más peligrosos criminales, Gordon sigue intentando ganarse la confianza del joven Bruce Wayne, que está ahora en el camino correcto para convertirse en el hombre que está destinado a ser, tras enterarse de los secretos más personales de su padre. En la segunda temporada, Gotham continúa con las envolventes historias de Edward Nygma/The Riddler y Selina Kyle/ la próxima Catwoman, así como con los orígenes de nuevos villanos incluyendo Mr. Freeze.