Durante una excursión escolar, la niña prodigio Sorata Suzuhara se aleja después de escuchar una canción misteriosa y se desmaya. Cuando vuelve en sí, se encuentra en un lugar desconocido y pronto se encuentra con una chica que le informa que actualmente se encuentra en el Japón de principios de siglo. Para ayudarlo a llegar a casa, Sorata la sigue hasta un barco que ella está esperando, pero cuando aparece no es un velero de madera, sino un avión redondo que vuela usando una tecnología que está más allá de la imaginación de Sorata. Aún más extraño, descubre que los otros 12 pasajeros, 3 mujeres jóvenes y 9 hombres, supuestamente son Espers con poderes especiales, y están en algún tipo de viaje a instancias de una entidad multinacional conocida como The World.
¿Cuál es el propósito de su viaje? ¿Cuál es su destino? ¿Quién es El Mundo? Antes de que Sorata pueda comenzar a evaluar su situación, el barco es atacado y el misterio que lo rodea solo se profundiza. Adéntrate en la historia del barco y sus ocupantes a través del punto de vista de cada una de las tres chicas y desentraña los misterios atrapados en su interior.